Если Вы плательщик УСН 6% или 15% и платите своему поставщику, работающему с НДС, то Вы можете просто заплатить ему всю сумму с НДС, и это на отчетность и налоги не повлияет. Но если Вам пришли деньги с НДС, то ФНС может потребовать от Вас уплаты НДС, предоставить объяснения и т.д. Если это случилось по ошибке, то проблему решит письмо от клиента, где будет написано, что для платежного поручения соответствующего номера, даты и суммы верным считать назначения платежа следующим — за товар по надлежащему договору без НДС. По запросу ФНС покажите это письмо, и тогда НДС доплачивать не придется. Но если по договору НДС должен быть выделен, и Вы так и сделали, то надо уплатить 20% налога от счет-фактуры в бюджет и сдать декларацию по НДС, при этом уменьшить НДС не получится. Поэтому крайне важно смотреть, что написано в договоре, если Вы не хотите переплатить НДС!